Удаление deleted нод из базы не работает в случае тормозов базы, из-за чего разница коммита транзакции во времени у нод варьируется с разницей в секунды в альфреске.

При этом, свойства удаляются по точному соответствию txn.commit_time_ms, а ноды удаляются в большем количестве из-за неточного запроса.
То есть, последняя транзакция по id не тоже самое, что и последняя транзакция по commit_time_ms.