Наблюдения: если в базе присутствует несколько версии процесса, то крайняя не обновляется при деплое. Если есть только 1 версия, то она перезатирается.

Исследовать: что будет, если какие-то элементы в шаблоне удалить, во время того, как есть активные экземпляры процесса. Что будет, если есть ассинхронные таймер-джобы у активных экземпляров, а целевой объект для них поменял id?

Предварительное решение: поднимать версию при деплое, если шаблон изменен, не перезатирать. Сравнивать не с 1 версией, а с крайней